研究表明空气、水、土壤等环境中都存在一定种类和数量的致病性细菌和病毒等，这些致病微生物与某些重要的传染性疾病的传播和流行密切相关。例如1988年我国上海市的甲肝大流行，证明与水源污染有关，因此定期性的检测环境中致病菌的动态（种类、数量、变化趋势等）具有重要的意义。以前大多采用分离培养的方法进行检测，不仅费时（种类、数量、变化趋势等），而且无法检测一些人工难以培养的病原菌，PCR技术进行检测则克服了上述缺陷，一般仅需2-4h就能完成。
随着PCR技术的不断发展与完善，PCR技术在环境微生物学中也得到了广泛的应用，有关这方面的文献报道日益增多。PCR技术创立之初，各国环境微生物学工作者即开始应用该技术、检测环境中的特定微生物类群或基因型。近年来随着PCR技术本身的发展，其特异性和灵敏度不断提高、各国环境微生物学工作考研究的重点主要集中于以下2个方面：1. 应用PCR技术研究某一特定环境中微生物区系的组成、结构，并进而了解其种群动态；2. 应用PCR技术监测环境中特定种群（如致病菌、工程菌株）的动态。